De gemeente Houten is in het leven geroepen op 21 oktober 1811, toen Nederland deel uitmaakte van het Franse Keizerrijk. Aan de gemeente Houten werd het grondgebied toegewezen van de voormalige gerechten Houten, 't Goy, Oud-Wulven, Waijen, Wulven, Heemstede en Schonauwen.
In 1816 werd Schonauwen een zelfstandige gemeente. Oud-Wulven, Waijen, Wulven, Heemstede en Schonauwen vormden samen met de gerechten Slachtmaat, de Grote en Kleine Koppel en Maarschalkerweerd de gemeente Oud-Wulven.
In 1858 werden de gemeenten Houten, Oud-Wulven en Schonauwen samengevoegd tot een nieuwe gemeente Houten. Hierdoor bereikte het grondgebied weer de zelfde omvang als in 1811 met als extra toevoeging Slachtmaat, de Grote en Kleine Koppel en Maarschalkerweerd.
Op 28 november 1944 werd het centrum van Houten gebombardeerd door de geallieerden het centrum van Houten was toen nog het huidige Schalkwijk, een klein dorpje naast het huidige Houten. De vliegtuigen waren op zoek naar de Duitse generaal Reinhard. Dit doel werd gemist. De huisvesting van de Duitse soldaten op De Brink (Het tegenwoordige Plein) werd bij een tweede aanvalsgolf wel geraakt. Bij het bombardement vielen zestien doden, waarvan vijf Houtenaren.
Op 8 oktober 1953 wordt het meest noordelijke gedeelte van de gemeente (Maarschalkerweerd) bij Utrecht gevoegd, nadat Houten zich 42 jaar tegen deze gebiedsuitbreiding had verzet. Op 1 januari 1962 worden Tull en 't Waal en Schalkwijk aan Houten gevoegd. Sinds 1943 hadden deze drie gemeenten dezelfde burgemeester.